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La flore et la faune du Ladakh ont d’abord été étudiées par Ferdinand Stoliczka, un paléontologue austro tchèque qui a mené une expédition dans la région dans les années 1870. La faune du Ladakh possède beaucoup de points communs avec celle d’Asie centrale, et surtout avec celle du plateau tibétain. Cependant, au contraire de ces deux autres régions, elle regorge d’une grande variété d’oiseaux, dont beaucoup migrent des régions plus chaudes de l’Inde pour passer l’été au Ladakh. Pour une zone aussi aride,  le Ladakh possède donc une grande diversité d’oiseaux : un total de 225 espèces ont été répertoriées. Beaucoup de ces oiseaux résident ou se reproduisent dans des zones humides à haute altitude comme la région du Rupshu et plus particulièrement le lac Tso Moriri.

Le Ladakh possède par ailleurs une sanctuaire protégé, le plus grand parc national d’Inde, le parc national d’Hemis qui couvre environ  4 000 kilomètres carrés. Il se situe au nord du Zanskar et possède une population de plus de 200 léopards des neige. Le parc national d’Hemis abrite également quatre espèces de moutons sauvages et de chèvres qui constituent les proies idéales pour ce prédateur, en ce compris le Grand mouton tibétain, appelé localement «Nyan» ou «Tinetan Argali» (Ovis ammon); il s’agit du mouton bleu de l’Himalaya, appelé “Bharal” ou “Napo”, (Pseudois nayaur); de l’Uriel, appelé localement “Shapo” (Ovis orientalis), et de l’ Asiatic ibex Skin (Capra sibirica). Parmi les prédateurs de la région on dénombre également le Renard Rouge, le Loup du Tibet, le Lynx, le Chat Pallas …

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Pour les observateurs d’oiseaux, c’est une destination de rêve. Outre l’aigle doré, le vautour Lammergeier et le vautour Griffon de l’Himalaya, le parc abrite l’Accentor marron, le Robin Accentor, la Paruline à feuilles de Tickell, le Roselin strié, le Chardonneret Tibétain, le Chukar, le Martinet à queue fourchue, le Chardonneret à bec rouge, le Tournesol himalayen et le Serin de feu. L’environnement, vierge de toute pollution et extrêmement silencieux font de l’observation des oiseaux une expérience unique.

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